葡萄牙人到印度的最终目的还是利益，毕竟这里的香料在欧洲价格能翻20倍，如果不用武力就能获取这些利润，葡萄牙人当然乐意。所以，葡萄牙人派遣武装帆船到印度绝不是简单地为了开战而开战，主要还是为了维护贸易安全。所以，葡萄牙人在到达卡利卡特后，第一件事就是在这里设立货栈，开设贸易点，停靠在港口的武装帆船只是起威慑作用。但当地的穆斯林却不这么想，他们不会眼睁睁地看着葡萄牙人把原本该他们赚取的钱都赚走。

1500年12月16日，当地的穆斯林发动骚乱，捣毁了葡萄牙人的贸易点，还打死了50多名葡萄牙人。卡伯拉尔立即下令扣留了十几条穆斯林的商船，没收了船上的全部货物，杀死了500多名穆斯林船员，最后将穆斯林的商船付之一炬。冲突升级，双方水火不容，卡利卡特看来是不能待了，卡伯拉尔向卡利卡特城开了几炮后，转向附近的科钦、坎努尔等港口城市。这些城市与卡利卡特处于敌对关系，所以葡萄牙人得以在这里落脚并开展贸易。特别是科钦，当地首领为了在与周边城市竞争中取得优势，还准许葡萄牙人在这里建立一座要塞。要塞不同于普通的商站，它有武装力量守护，相当于葡萄牙人的海外军事基地。

卡伯拉尔的这次远征可以说是以失败告终，船只损失过半，船员损失过半，已经没有力量和当地穆斯林硬碰硬，所以在第二年1月，卡伯拉尔就率领剩下的4艘船回国了，在到达佛得角群岛时，遇到了同是返航的迪奥戈·迪亚士。

但葡萄牙国王曼努埃尔一世显然不甘心就此放弃在印度的巨大利益，经过5年的准备之后，曼努埃尔一世任阿尔梅达（francisco de almeida）为印度总督，带领一支庞大的舰队远征印度。这只舰队共有帆船20艘，各类人员共2000人，其中作战士兵占1500人，其规模在葡萄牙乃至欧洲远航史上都是前所未有的。曼努埃尔一世给阿尔梅达的命令是：歼灭一切非葡萄牙的舰船，占领所有重要沿海据点，封锁从直布罗陀一直到马六甲的海路，垄断所有东方贸易。

对葡萄牙人来说，非洲西海岸已经是他们的传统势力范围，阿尔梅达这次的主要任务是挑战印度洋上的穆斯林，特别是阿拉伯人的传统势力。在东非沿岸，如索法拉、莫桑比克、基卢瓦、蒙巴萨这些穆斯林城邦本身实力有限，葡萄牙人一路洗劫，对方毫无还手之力。难点在印度洋北部，也就是阿拉伯海这部分。阿拉伯海之所以称为阿拉伯海，就是因为自从阿拉伯人从半岛崛起之后，几个世纪以来一直控制这里，而从亚洲到欧洲的海上商路，阿拉伯海又是必经之地。

在15世纪，让欧洲人梦寐以求的香料主要产自两个地方，一个是印度，一个是东南亚，要想把这两个地方的香料运往欧洲赚取巨额利润，除了陆上丝绸之路外（已被奥斯曼土耳其帝国阻断），最便捷的海路就是阿拉伯海。东南亚的商人（既有东南亚人，也有中国人、印度人）通常把香料运到印度，再由印度商人由印度运到中亚和欧洲。按商业逻辑来讲，运到欧洲更赚钱，因为欧洲最缺香料。这些印度商人通常就是穆斯林，一般来说也是阿拉伯人。阿拉伯人在印度装满香料后，可以有两条路运往欧洲：一条是北线，经阿拉伯海过阿曼湾，再过波斯湾，在巴士拉上岸，由陆路运抵两河流域中心城市巴格达，再由巴格达经陆路到达安条克，最后经地中海运往欧洲各个市场；另一条是南线，经阿拉伯海过亚丁湾（亚丁湾为什么至今都有海盗？就是因为它是一条商贸要道），穿红海后转陆路（当时苏伊士运河还没开通）抵达开罗，最后从亚历山大港经地中海运往欧洲各地。从经济成本上讲，水上运输更便宜，所以南线比北线更繁忙。无论是南线还是北线，最终的集散点都在地中海东岸的安条克和南岸的亚历山大港一带，而这些地方当时都属于埃及的布尔吉王朝，此时的埃及主体民族已经是阿拉伯人。

这两条航线是穆斯林特别是阿拉伯人的财富来源，穆斯林的垄断也是造成香料价格在欧洲市场居高不下的原因。葡萄牙人要想垄断印度洋的贸易，毫无疑问就要夺下这两条航线的控制权。不仅如此，葡萄牙人还要让原来航行在阿拉伯海的穆斯林商船全部变成葡萄牙的商船。要实现这个目标，打破阿拉伯人在印度洋上几百年的垄断，看起来似乎很难。

1506年，葡萄牙舰队攻占了索科特拉岛，等于控制了亚丁湾的出入口。1507年，葡萄牙舰队又攻占了霍尔木兹岛。霍尔木兹岛位于波斯湾的入口处，岛上有座城也叫霍尔木兹（中国古书翻译为忽鲁谟斯），葡萄牙人攻入城中后，强行征税，对当地的穆斯林实行非常残酷的统治。有了这座城，葡萄牙人等于控制了波斯湾和阿曼湾的出入口。这样看来，两条航线很快就会被葡萄牙人控制。

作为利益受损最大的一方，埃及当然不能眼睁睁地看着葡萄牙人虎口夺食，但埃及人也知道，仅靠自己的力量恐怕对付不了葡萄牙人，所以他们还需要一些同是穆斯林的盟友。让葡萄牙人万万没想到的是，在这些盟友里面，居然有一个基督教国家。

葡萄牙人和穆斯林的战争，既有利益上的争夺，也有宗教上的原因，最根本的原因还是利益之争。早在达·伽马到达印度之后，葡萄牙人就不停地派出船只骚扰、抢劫穆斯林在印度洋上的船只，从那时开始，穆斯林商人运往地中海的货物就日渐减少。而此前穆斯林商人通常只把商品运到地中海沿岸，再由威尼斯商人贩卖到沿地中海的各个欧洲国家，原因一是穆斯林的传统势力在印度洋，而不在地中海，二是由威尼斯人去和欧洲人打交道要方便得多。所以，自从奥斯曼帝国控制了东地中海沿岸后，在欧洲各国都感觉物资匮乏的时候，威尼斯商人却和穆斯林达成默契，赚得盆满钵满。但是现在，葡萄牙人打乱了穆斯林的传统航线，威尼斯商人在地中海港口能装的货物越来越少，特别是能赚取暴利的香料，几乎都看不到影子。这让威尼斯商人很恼火，于是他们也想帮忙教训一下葡萄牙人。

奥斯曼帝国是埃及的第二个盟友，他们是游牧民族出身，并不擅长航海，而且其目标一直是欧洲腹地和地中海，印度洋上的事其实与之无关，但帝国运输木料的商船也在印度洋上被葡萄牙袭击了，于是奥斯曼帝国也加入进来。

另外两个盟友来自印度，一个是与葡萄牙人多次冲突的卡利卡特城邦，一个是第乌港所在的古吉拉特苏丹国。

奥斯曼帝国并没有直接参战，而是向埃及支援了一批地中海式排桨战船，还顺带送了一批希腊水手（此时的希腊已被奥斯曼统治，作为有着几千年航海历史的民族，希腊盛产优秀的水手）。但如何将这些战船从地中海运到印度洋呢？埃及人犯了难，这时威尼斯人出现了。威尼斯人长年生活在水上，对船体的构造比对自己的身体还清楚，他们把这些战船在亚历山大港解体，通过陆路运到红海岸边，再重新组装下水，成功地解决了埃及人的难题。

1507年，埃及舰队向印度出发，按事先的约定，他们准备在印度的第乌港集结，攻击葡萄牙人。这支新组建的舰队首先驻守在边境线附近的吉达港（红海北岸，东距麦加70公里），防范葡萄牙人的截击。发现没有敌情后，舰队越过亚丁港，于1508年到达第乌。

1509年初，埃及和印度联军侦察到葡萄牙军队正从科钦北上，于是诱敌深入，退守第乌，打算利用第乌的防线歼灭葡萄牙军。第乌不仅是个港口，还建有要塞，在要塞周围布满了岸炮。联军也知道，葡萄牙人的火炮厉害，单凭战船很难取胜。

集结在第乌港的阿拉伯和印度联军有20000人，战船100艘，其中12艘大船。这其中，埃及人的船有两种，一种是奥斯曼帝国援助的地中海排桨帆船，这种船为适应地中海的环境修造，主要的动力是人力划桨，船体两侧布满了桨孔（舷窗），因此这种船无法在两侧装载舷炮，不然会影响划桨，只能在首尾装载船首炮和船尾炮，而船首和船尾的空间狭窄，能装载的火炮数量也有限，通常也只能装一座火炮。这种火炮的管子比较长，欧洲人管它叫加农炮，“加农”是拉丁语（canna）“管子”的意思；另一种是阿拉伯人传统的单桅三角帆船，单桅帆船船体小、重量轻、速度快，是近海贸易的最佳选择，但因为载重量小，无法装载沉重的加农炮，只能靠船上的弓箭手作战。印度方面，卡利卡特和古吉拉特也大多是传统的阿拉伯单桅帆船。

联军里面，除了12艘大船装有火炮外，其他的都是只有弓箭手的单桅帆船。说是海战，其实他们的目标是把葡萄牙人诱入第乌要塞附近，利用岸上火炮的掩护冲上敌人的甲板肉搏。

葡萄牙方面，领军的正是首任印度总督阿尔梅达，他带领战船18艘、1800名葡萄牙士兵，另外还有400个科钦士兵也来助阵。葡萄牙人的主力战船是卡瑞克帆船，这种船的特点是有多层甲板，有更多船舱可以摆放物资，可以布设多层侧舷炮，它的风帆结合了三角帆和横帆的优点，动力强劲，即使逆风航行也不在话下。当然，它有个缺点，就是重心太高，遇到狂风暴雨的时候容易翻船，船体也太笨重，很难进入浅海和内河。为了避免这个缺点，后来出现了改良型的盖伦船，还有轻量版的卡拉维尔帆船（低于100吨）。哥伦布第一次远航的旗舰圣玛丽亚号就属于卡瑞克帆船，而另两艘平塔号和尼尼雅号则属于卡拉维尔帆船。总之，这种兼顾商业贸易和海上战斗的船型成为大航海时代远洋航行的主流，我们看电影（如《加勒比海盗》）里海战时，双方绕着圈互射，就是利用这种船型的侧舷炮，其威力可见一斑。

如果打肉搏战，葡萄牙人肯定不是对手，联军人数是他们的10倍。虽说葡萄牙人有枪，但这时的枪还是火绳枪，连发速度还不如弓箭。

战争一开始，穆斯林联军就发现不对劲了，第乌要塞的岸炮射程不如葡萄牙人的加农炮，岸炮起不了作用，于是他们驾船冲入敌阵，打算按传统的战法，先用船头的撞角撞击敌船，然后冲上敌人的甲板肉搏。但这样一来情况更糟，联军的船只还没靠近，葡萄牙的侧舷炮便一阵轰鸣，使许多战船沉入海底，剩下一些勇猛的士兵冲到葡萄牙船边时，却发现葡萄牙人的战船高大得爬不上去，而船舷上的葡萄牙士兵正拿着火枪朝他们射击，许多人还没明白怎么回事就葬身海底。

这场战争以葡萄牙人的完胜告终。面对十倍于己的敌人，葡萄牙人不但获得胜利，而且几乎没什么损失，只有一小部分人受伤，其中有一位便是费迪南德·麦哲伦（ferdinand magellan）。当然，麦哲伦这个时候还只是葡萄牙舰队里的一名低级军官，没有人能料到他将来会在世界航海史上留下浓墨重彩的一笔。

第乌之战标志着印度洋的控制权由穆斯林转移到了葡萄牙人手里。随着印度洋的丢失，穆斯林的利益严重受损，埃及的马木留克政权也因此而亡。更重要的是，原先在欧洲大陆上节节胜利的奥斯曼帝国突然发现后院进驻了葡萄牙人，由此转盛为衰。对于葡萄牙人的强取豪夺，穆斯林不是没反抗过，奥斯曼帝国的海军就曾经试图与葡萄牙人一战，但最终也无力回天，辉煌了近千年的伊斯兰世界从此风光不再。

葡萄牙人能取得这次胜利，主要靠的是火器。这个火器不是火枪，而是火炮。穆斯林也不是没有火炮，只是这么多年来没有进步，反而是欧洲人在远洋的过程中，为了克服途中碰到的种种困难，不断改进技术，不仅是在造船方面，在火器方面也全面超越了穆斯林。技术更新给欧洲人带来了利益，利益又进一步刺激技术的更新，这种良性循环一旦打开，火枪成为战场的主角指日可待，欧洲的崛起已经势不可当。

对于这次远征的主要功臣阿尔梅达来说，结局却不太好，他在回国的途中死于与南非科伊桑人的冲突中。

当然，对于喜欢临阵换将的葡萄牙人来说，损失个把将领不是什么大事，他们的目标是“星辰大海”，是控制整个香料贸易航线，但印度并不是最大的香料产地，最大的香料产地在东南亚，因此，葡萄牙还需要再接再厉，把势力扩展到东南亚。

1510年，曼努埃尔国王任命阿尔布克尔（afonso de albuquerque）接替印度总督一职。同年，阿尔布克尔攻克果阿，大开杀戒，城中8000人死于非命。果阿后来成为葡萄牙在印度洋上的贸易枢纽。

在印度半岛的南端，隔海不远的地方还有一个岛国，这就是锡兰（今斯里兰卡）。锡兰实力很弱，不足为惧，再往东，过孟加拉湾，越过安达曼群岛和尼科巴群岛之间的十度海峡，就进入安达曼海。安达曼海往南，就是马六甲海峡。之所以叫马六甲海峡，是因为扼守海峡的重镇名叫马六甲。从果阿到马六甲，葡萄牙人再也遇不到像样的对手了。

马六甲海峡是印度洋到香料群岛的咽喉，控制了马六甲海峡，也就控制了香料从远东到欧洲的整个贸易航线，同时也能确立葡萄牙海上贸易帝国的地位。很显然，葡萄牙人的下一个目标，就是进入东南亚，攻占马六甲。