哥伦布从加那利群岛往西航行的时候，沿北纬28°航行，正是利用了东北信风；返航的时候，沿北纬38°航行，正是利用了盛行西风。

1493年2月12日，哥伦布正往东航行的时候，遇到了暴风雨，持续了4天，风力达到了八级。在狂风暴雨中，13日晚，尼尼雅号和平塔号走散。哥伦布感到自己性命不保，便把发现“西印度”的事情写了下来，还抄写了一份副本，分别装在两个漂流桶里，其中一个扔进了大海，另一个放在船上。他想，即使他死了，后人也该知道，从大西洋往西也可以到达“印度”。

2月15日，尼尼雅号的船员们发现了亚速尔群岛就在不远处，所有人都松了一口气，这意味着他们离旧大陆不远了。2月18日，尼尼雅号停靠在亚速尔群岛中的圣玛利亚岛休整。2月24日，尼尼雅号重新启航，没想到又遇上了暴风雨，这回持续了6天。无奈之下，他们只能就近驶向葡萄牙，于3月4日停靠在里斯本。

在里斯本，哥伦布先是拜见了已经功成名就的迪亚士，然后去拜见葡萄牙国王若奥二世。哥伦布对若奥二世说，他发现了“西印度”，那里黄金和香料遍地都是，言里言外又埋怨国王当初不信任他，以致丧失大好机会。若奥二世当然后悔不迭，相比于哥伦布发现“西印度”，迪亚士发现好望角的事根本不值一提。但后悔没有用，这一次显然让西班牙占了上风。不过若奥二世突然想起一件事来，根据1478年葡萄牙与卡斯蒂利亚签署的《阿尔卡索瓦斯和约》规定，加那利群岛以南归葡萄牙，以北归卡斯蒂利亚，而这次哥伦布发现的岛屿都在加那利群岛以南，理应归葡萄牙所有。

哥伦布一听傻了眼，匆匆别过。3月13日，尼尼雅号从里斯本启航，15日中午回到出发地帕洛斯。幸运的是，马丁·平松率领的平塔号经历九死一生后，也在3月15日下午回到了帕洛斯。至此，人类历史上空前的224天远航探险最终胜利结束。西班牙国王和女王正式承认了《圣塔菲协定》中许诺给哥伦布的一切权利和利益。

当然，哥伦布也把若奥二世的话带给了伊莎贝拉女王。葡萄牙认为西班牙侵犯了自己的利益，一面向西班牙提出抗议，一面向罗马教皇告状，还打算派遣海军去抢西印度。西班牙当然毫不相让，一面命海军舰队做好应战的准备，一面向教皇请求调解。当时的教皇是亚历山大六世（pope alexander vi），西班牙人，而且是靠着西班牙女王的支持才当选的。毫无疑问，这个忙教皇是要帮的。1493年5月4日，亚历山大六世发布教谕，以佛得角群岛以西100里格处的经线划分两国的势力范围。分界线以西属西班牙，以东属葡萄牙，这就是所谓的教皇子午线。葡萄牙对这条教皇子午线很不满意，想仍按1478年的《阿尔卡索瓦斯和约》的原则划分。但形势已经对葡萄牙很不利。1493年9月25日，哥伦布带着庞大的船队第二次前往“西印度”。第二天，教皇发布教谕，撤销1478年的《阿尔卡索瓦斯和约》。若奥二世一看，心知只能在教皇子午线上讨价还价了——保住现有的成果要紧。毕竟，从非洲绕过好望角也可以去印度。

1494年6月7日，在教皇的调解下，葡萄牙和西班牙签订协议，把分界线向西移至佛得角群岛以西370里格处。分界线以西归西班牙，分界线以东归葡萄牙——这就是修改后的教皇子午线。

所谓的里格，是在经纬线出现以前绘图时常用的方法。今天的绘图作业中也经常用到的方里网就是一种里格。具体来说，就是在图纸上画出方格，每个方格的边长代表实际中的1里，这样便于地图的拼接，也能最大程度上保证地图中各要素相对位置的正确性。今天的方里网通常以公里为单位，但在15世纪，里格的单位却并不固定，有罗马里、英里、海里等。后人普遍认为教皇子午线用的应该是罗马里（约5.92公里），但教皇子午线的具体位置仍有争议，原因就在于它不精确。一般认为，初期的教皇子午线在西经38°左右，而修改后的教皇子午线在西经46°左右。对当时的西萄两国来说，教皇子午线很好地保障了他们的既得利益。当时他们还不知道有个美洲大陆，也不知道这条线穿越了南美洲大陆，否则不会这么爽快签约。

教皇子午线的划分让西葡两国避免了冲突，继续把目光投向远洋探索中。

第二次西航，哥伦布就风光多了。第一次西航时，很多人对哥伦布的说辞表示质疑，当哥伦布从西印度群岛带来黄金、当地特产，以及6个印第安人时，没有人再质疑他的话了，于是各种投资纷至沓来。这一次，哥伦布组织了17艘船、1500人——单就人数来说，是上一次的十多倍。对远洋航行来说，船队越大越安全，所谓势单力薄，在海上尤其明显。在这1500人中，除了船员，还有官员、教士、农夫、工匠，他们还携带了大量的口粮、种子、家畜，以及各种工具。很显然，和上回单纯的探寻新航路不同，这一次，西班牙人要在“西印度”殖民。

有了上次的经验，哥伦布这次去“西印度”就很顺利了。9月25日，船队从加的斯港出发。和上回一样，还是先到加那利群岛；和上回不一样的地方是，船队先往西南再向西航行，因为这样可以更好地利用东北信风。第一次西航的时候，哥伦布实际是贴着东北信风带的边缘走的，很容易闯入副高压无风带（进入马尾藻海就是个例子）。所以这次哥伦布到达加那利群岛后，先往南航行了10°，这样不但安全性提高，而且东北信风更强劲，只用了20天就到达了西印度群岛。通过第二次航行，哥伦布发现了一条从欧洲到“西印度”的最佳航线。这条航线既可以最大程度地利用东北信风，也避免了像第一次那样误入马尾藻海的风险。而返航则和第一次相当，亚速尔群岛同纬度地带就是盛行西风带。那么唯一的问题就是如何从西印度群岛穿过无风的副热带高气压带。

从西印度群岛到北纬38°附近，需要穿越千余公里的无风带，在以风帆为动力的年代，这是很要命的。而且从西印度群岛往北，是恐怖的马尾藻海和百慕大三角，任何一支船队要想穿过这里都需要极大的勇气。

好在天无绝人之路，在西印度群岛有一股强劲的洋流由南往北而去，这就是北大西洋暖流。北大西洋暖流来源于北赤道暖流，当北赤道暖流进入加勒比海后，加勒比海无法安放那么多海水，于是海水沿北美大陆往北流去，形成北大西洋暖流。北大西洋暖流很强大，不仅影响美洲和大西洋的气候，还改变了整个北欧的气候。

也许是运气好，哥伦布早在第一次西航时就发现了这股洋流，并顺流来到了百慕大群岛东北方向，然后就遇到了盛行西风。这条路线虽然没有风，但顺水，而且正好从马尾藻海和百慕大之间的空隙穿过，避免了危险。

至此，一条完美的从欧洲到西印度群岛，再从西印度群岛返航的路线被哥伦布探索出来了。

西印度群岛的叫法其实是个误会。哥伦布并不知道自己发现了新大陆，而是坚信自己到达了印度。又因为他是从欧洲往西找到这里的，所以称为“西印度”。按今天的习惯，可以把这一带统称为加勒比海地区。

加勒比海地区位于中美洲，按今天的行政区划来说，包括古巴、多米尼克、多米尼加共和国、海地、牙买加、巴巴多斯、安提瓜和巴布达、阿鲁巴、巴哈马、格林纳达、圣基茨和尼维斯、圣卢西亚、波多黎各、圣文森特和格林纳丁斯、特立尼达和多巴哥，英属维尔京群岛、开曼群岛、蒙特塞拉特、特克斯和凯科斯群岛，法属瓜德罗普、马提尼克，荷属安的列斯岛，以及美属维尔京群岛。

如果按地理来分的话就比较简单了，主要包括三个大群岛：巴哈马群岛、大安的列斯群岛和小安的列斯群岛。

其中巴哈马群岛包括安德罗斯岛、圣萨尔瓦多岛等岛屿，是哥伦布最早发现的群岛。这里与北美大陆的佛罗里达半岛只隔着一条海峡，可惜哥伦布阴差阳错往南去了。否则的话，美洲大陆就会以哥伦布的名字命名了。

大安的列斯群岛囊括了这一带所有的大岛，包括古巴岛、牙买加岛、海地岛、波多黎各岛等，是加勒比海地区的核心所在。

小安的列斯群岛在东部，正好把加勒比海和大西洋隔开。这一带分布着众多的小岛，是后来殖民者抢夺的焦点。早期的殖民者如西班牙，把目光都放在大安的列斯群岛这些人口众多的大岛上，对小安的列斯群岛这些小岛看不上眼。后来英法两国到来的时候，只能抢占这些小岛。

大安的列斯群岛、小安的列斯群岛，再加上中美洲的尤卡坦半岛及中南美洲的大陆，共同围成了加勒比海，而古巴岛和尤卡坦半岛又把加勒比海和墨西哥湾隔开了。

哥伦布这一次沿北纬15°航行，所以最先到达的是小安的列斯群岛。在这里，哥伦布先后发现多米尼加岛、瓜德罗普岛、维尔京群岛、波多黎各岛等大小岛屿，并将当地人命名为“加勒比人”，意思是“英勇善战的人”——加勒比海的名字也是因此而来。

哥伦布在这些小岛上只是了解了一下加勒比人的情况，主要的目的地还是海地岛，那里还有39名留守的同胞。11月27日，船队抵达圣诞城所在的海湾，让他们惊讶的是，圣诞城被夷为平地，39名留守人员也无一幸存。哥伦布根据留下来的日记才知道，原来是这些留守的西班牙人到处强奸女人和搜刮黄金，引起了当地印第安人的反击。

于是，哥伦布决定在海地岛的北岸中部另建一座城。为了纪念慧眼识珠的伊莎贝拉女王，他把这座城命名为伊莎贝拉城。这次哥伦布带来的人虽然多，但这些人大多抱着淘金的目的而来，对于体力劳动十分抗拒，又因为食品短缺，再加上当地黄热病、疟疾流行，于是纷纷要求回国。哥伦布最终决定留下5艘船和500人，其他的人和船回国。1494年2月2日，1000人在托雷斯的率领下分乘12艘船从海地出发，返回西班牙。

余下的500人也并没有安心待在岛上。此前，西班牙人在海地岛的产金之地设置了一个圣托马斯要塞。当那1000人走的时候，圣托马斯要塞的指挥官也待不下去了，拉着几个人抢了条船偷偷回国。结果留下来的水手和士兵因为无人管束，到处抢劫强奸，激起了印第安人的反抗。印第安人打死了几十名西班牙人，包围了圣托马斯要塞。由此开始，西班牙人征服海地的战争爆发了。面对西班牙人的火枪火炮，手无寸铁的印第安人毫无还手之力，无数的人在战争中死去，或沦为西班牙人的奴隶。西班牙人刚到时，海地岛上有土著居民25万以上，到1508年只剩下6万人，到1548年仅存500人，到16世纪中叶基本灭绝。所以我们今天看到的海地人都是黑人，那是西班牙人后来从非洲贩卖过去的黑人的后裔。

在海地，哥伦布发现当地的小孩喜欢玩一种球，这种球很有弹性。他还发现，印第安人把一种白色浓稠的液体涂在布上后，布就有了防水效果。后来他得知，这两种稀罕事物来源于同一个东西——橡胶。橡胶对后世工业的重要性不言而喻，在殖民时代，它也是很多种植园广泛种植的经济作物。客观来说，哥伦布给美洲的印第安人带来了灾难，另一个角度，他从美洲带来的很多东西彻底改变了旧大陆人的生活。

和葡萄牙不同的是，西班牙喜欢把一个人的才能发挥到极致，而葡萄牙却总是临阵换将，一旦成名，从此闲置。所以我们看到葡萄牙在前往非洲探险的时候，总是临阵换将，而西班牙仅哥伦布一个人的成就就远远超过他们的总和。当然，这里还有另外一个原因，哥伦布是外籍人，相当于客卿，在西班牙没有根基，不存在功高盖主的情况；而葡萄牙的那些将领，本身就是葡萄牙的传统贵族，王室对他们有戒心也是正常的。

4月24日，哥伦布率3艘帆船离开伊莎贝拉城去考察古巴。他们考察了整个古巴岛的西南海岸，先后发现牙买加岛和派恩斯岛（今古巴青年岛）。

5月份的时候，哥伦布的兄弟巴托罗缪（bartholomew columbus）率3艘补给船抵达新大陆，顺便就留在了海地。9月底，哥伦布感到身体不适，回到伊莎贝拉城养病。

11月，托雷斯送来4艘船的补给。回去的时候，正赶上西班牙人刚抓了1500名印第安人，托雷斯只挑了500人运回国内当奴隶拍卖。剩下的人，一部分给西班牙人当奴隶，其余的大部分被释放。

印第安人的身体远不如非洲黑人强壮，艰苦的劳动加上恶劣的环境让很多印第安人不堪折磨而死。此外，印第安人处于石器时期，在他们的概念里并没有奴隶这个词，所以会反抗。非洲人不同，非洲的奴隶制已经存在了几个世纪，在黑人眼里，只要被定义为奴隶，被迫劳动是天经地义的，没有反抗的必要。

第二次西航，西班牙人并没有像预期的那样获得大量的黄金，就连抓获的奴隶也不堪大用，所以西班牙女王对哥伦布的这次远航并不满意，于是允许其他西班牙人自行到“西印度”移民、采金、考察，只要把收入的三分之二上缴国库就行。这等于是把以前许诺给哥伦布的垄断权给废了。而且很快，女王诏令哥伦布回国，因为钱花得太多了，入不敷出，这场投资看来打了水漂。

1496年3月，哥伦布动身回国。行前，哥伦布让弟弟巴托罗缪代理他统治“西印度”。这一年，巴托罗缪在海地岛南岸修建了圣多明戈城，圣多明戈很快成为西班牙在海地的殖民统治中心，现为多米尼加的首都。

1496年6月中旬，哥伦布回到西班牙的加的斯港。

早在一年多前（1494年冬），法兰西国出兵意大利半岛，与西班牙争夺那不勒斯城，于是持续65年的意大利战争爆发。西班牙军队中有不少人曾跟随哥伦布去过美洲，其中有一些人在那里染上了一种怪病，他们把这个怪病传给了那不勒斯风月场中的女子。第二年，法兰西军队攻陷那不勒斯，这些风尘女子又把这个怪病传给了法军。到了秋天，法兰西军队因多数士兵染病，无法医治，只好撤退。

此后三年，这个怪病迅速传遍欧洲，并开始向亚洲和非洲蔓延。后来人们知道，这个怪病就是梅毒。之所以说是怪病，是因为所有的感染者，几乎全是通过同一种方式传染的，那就是性接触。