很少有哪个司法机构能比西班牙宗教裁判所更加臭名昭著，更加令人恐惧。然而，与欧洲南部大多数地区的宗教裁判所相比，西班牙宗教裁判所发展得相对较晚。13世纪时，当欧洲其他地方与异端分子做斗争时，信奉基督教的西班牙人正忙于与入侵的摩尔人进行长期艰苦卓绝的战斗，并借以增强他们的信仰。夺回半岛的任务完成后，在王国内部统一宗教信仰的问题就提上了日程。
起初，犹太人被视为统一宗教信仰的主要障碍。700年来，摩尔人对犹太人实行宽容政策，犹太学者和犹太商人在数量上和影响力上都得到增长。到14世纪晚期，卡斯提尔和里昂国王亨利三世开始对犹太人施加压力，他们只有两个选择：或者从犹太教信仰转向基督教信仰，或者去死。
那些表面抛弃了犹太教，但是私下仍秘密保持犹太教的人被称为“马兰诺人”——一个不敬的称谓。据统计，马兰诺人超过了100万人。1469年，斐迪南和伊莎贝拉联姻（“西班牙天主教双王”）而使卡斯提尔和阿拉贡联合后，这些马兰诺人被宣称是对西班牙信仰和王国安全的一个威胁。
1478年，教皇席斯特四世被说服发布了一项诏令，授权天主教国王任命他们中意的裁判官。原本打算促成教会和王室的结盟，但实际上却导致了王室绝对权力的扩大。最早的西班牙裁判官是在塞维利亚被任命的，他们表现出了在搜寻异端分子方面的极大热情，以至于教皇想要打压他们。但是西班牙王室也意识到自己手中有了一个强大的武器，席斯特四世发现他无法影响到这些裁判官。1483年他被迫认同卡斯提尔和里昂所任命的总裁判官；同年，阿拉贡、瓦伦西亚和加泰罗尼亚也开始处于西班牙宗教裁判所的控制之下。
这五个王国的总裁判官听命于最高裁判官；最高裁判官由王室任命，教会被迫授予其司法权。他在五人委员会的协助下任命代理人和听取审讯。
首任最高裁判官是多明我会神父托马斯·德·托克马达，“他的名字象征着西班牙宗教裁判所最坏的一面，并且成为宗教偏执和狂热主义的代名词”。他于1483年8月被任命后，在塞维利亚、哈恩、科尔多巴、雷阿尔和萨拉戈萨都设立了裁判所。次年，他制定了一个有28条条文的文件作为地方裁判官的指南：他们不仅审讯异端和叛教相关的犯罪，而且还包括巫术、重婚、亵渎上帝和放高利贷，而且他们被授权使用酷刑来取证。
托克马达劝说斐迪南和伊莎贝拉（托克马达是她的告解神父）发布了1492年3月31日法令，该法令给了西班牙的犹太人两个选择：或者是皈依基督教，或者被驱逐出境。结果，超过16万的犹太人离开了西班牙；其中大多数是赛法迪犹太人，他们把中世纪西班牙人的血脉一直延续到现代社会，就像意第绪语在德语国家一直延续下来一样。那些留下来并接受了基督教信仰的犹太人被称为“皈依者”。尽管一般认为哥伦布出生在意大利的***，但是他只说西班牙语，使用西班牙文名字；西班牙人说哥伦布是西班牙人，一些历史学家指出，哥伦布事实上是一个皈依了基督教的犹太人。甚至据说托克马达自己家庭的出身也是皈依者。
这可能能够解释托克马达为什么猛烈镇压皈依者。几千人因为秘密进行犹太教活动被烧死在火刑柱上。哲学家胡安·路易斯·维韦斯（鲁汶大学的人文科学教授，后来是牛津大学基督圣体学院的法律博士，亨利三世的女儿玛丽的家庭教师）的整个家庭都被用这种方式清除了。托克马达运动的早期受害人之一是一位名叫贝尼托·加西亚的人。他已经立誓皈依基督教35年了。1490年，他刚朝拜完圣地亚哥德孔波斯特拉的圣詹姆斯神殿，在回家的路上就被逮捕了。在他的背包里还找到了一块圣饼。在对他长达六天的行刑中，他供认和五个皈依者、两个犹太人共谋，杀害一个来自拉瓜迪亚的孩子进行献祭。他说他们计划用孩子的心和圣饼施咒，从而可以咒死所有基督徒，让犹太人霸占基督徒的财产。其实拉瓜迪亚并没有孩子走失，但是托克马达对这个指控大肆宣扬，以致次年秋天，一个拉瓜迪亚“圣子”的邪教就已经建起来了。
但是，很多皈依者存活了下来，并且真诚地信奉罗马天主教，没过多久就开始投身于西班牙的宗教界和思想界活动。至少有两位圣徒——圣女大德兰和圣约翰——声称是来自皈依者的家庭，正如耶稣会第二任总会长迭戈·莱内斯一样。
16世纪中叶，在皈依者已经繁衍了两代之后，宗教裁判所关注的重点已经不是铲除犹太教了，而是转而关注异端出版物的审查制度，以及在基督徒中执行“正确的”宗教信仰——甚至耶稣会会士规则的制定者伊格内修斯·洛约拉都因为涉嫌异端而被传讯过两次。但是，宗教裁判所在传播一种新的关于“纯洁性”的有害教义方面发挥了重要作用。就像后来的纳粹党制定的种族法一样，1547年，托莱多总教堂的大主教要求所有想要入教的人都要证明他们祖先的纯洁性，必须没有任何皈依者的血脉，并且未曾被指控为异端。1556年国王腓力二世（英国玛丽女王的丈夫）批准了一项法令，宣称“德国、法国和西班牙的所有异端分子都是由犹太人后裔”。整个西班牙都制定了类似法令，这进一步促进了对犹太血脉的追踪。
此时西班牙的疆域包括在美洲、西西里岛、那不勒斯王国、尼德兰新发现的土地，1580年，葡萄牙也成为西班牙的一部分。除了那不勒斯的居民强烈反对以外，其他所有地方都处于西班牙宗教裁判所的魔爪之下。
1554年，法学家j.达沃德讲到了西班牙尼德兰的布鲁日所采用的一种利用拉肢架的典型酷刑：
受刑人被剥光衣服，躺在一张长凳上，他的手绑在背后，肚皮朝天，生殖器被一块麻布盖着。他被绑在长凳上，以防止跌落。两个大脚趾被绳子绑到一个轮子、棍子或者类似的工具上，用以拉扯他的身体。然后，另一根绳子绕住他的大腿，根据审讯人的指令而或紧或松……有时还会用一个有活扣的绳圈套在受刑人额头上，用两根棍子或者骨头绞紧。然后行刑人用一块布蒙在受刑人眼睛上并堵住他的鼻孔，往他的胸上、腿上、脚趾上倒水，并用一个小小的马笼头撑开他的嘴，往里倒进冷水，直到他肿胀得无法忍受但还不至于丧命时……
好的裁判官总是有同情心的，他一定会考虑受刑人是年轻还是年老以及他的健康状况，以确保他是一个好的裁判官，而不是嗜血成性的暴君。他小心翼翼地、温和地开始，然后根据犯罪的严重性、证据的证明力大小以及受刑人的态度，开始逐步严酷地行刑，直到最后是极度严酷地行刑。他必须无视受刑人的尖叫、哭喊、叹气、颤抖或者痛苦；整个行刑过程都必须小心翼翼、自我节制，避免受刑人被逼疯、受伤或者过度虚弱。
如果这就是“好的裁判官”的态度，我们就可以设想，落在其他那些无所顾忌的裁判官手里的受刑人会受到怎样的折磨。并且，当受刑人身体的每一块肌肉都被合法地撕扯时，什么叫作避免“过度虚弱”？
与法国、意大利、德国的多明我会裁判官的法庭不同，西班牙宗教裁判所法庭是特地建造的，并且往往是华丽的宅邸。例如，在葡萄牙，宗教裁判所的房子包括四个气派的法庭，一套总裁判官的豪华寓所，还有几套房子围绕着一个中央的庭院，这些房子是皇家法庭成员和其他要人想要来观看行刑时供他们居住的。
宗教裁判所的刑讯程序是秘密进行的，被指控人不允许有辩护人代理诉讼，也没有与对其不利的证人当面对质的权利。当他们被宣告有罪时，他们的财产被罚没充公，被宗教裁判所、王室和指控人所瓜分。整个刑讯程序所引发的恐怖是巨大的，更别说还有行刑人等在阴森恐怖的地下刑讯室里，他们从头到脚一袭黑衣，戴了一个黑色修道士大兜帽把脸遮住，只留了两个洞把眼睛露出来。
菲利普·范·林博克在他的著作《宗教裁判所史》中讲到了那里发生的事情：
毫不考虑人道或者尊严地把受刑人剥光，不仅对男人是这样，对那些最贞洁的妇女和处女也是这样。他们被脱得一丝不挂，然后穿上裁判所的亚麻布内衣。
酷刑的第一阶段一般是倒吊，相当于格里兰杜斯所说的吊刑的第四等级（见第3章）：用一根绳子把胳膊绑在背后，头朝下吊起来，受刑人时不时地被突然猛地放下来。他的所有关节逐渐都脱位了。弗里德里克·肖伯尔说，在此之后：
如果这种酷刑还吓不住他，就会诉诸水刑。他被灌下大量的水，然后躺在一个有盖子的木槽中，行刑人想盖多紧就盖多紧。木槽中横着一根棍子，受刑人的背部靠在上面，以此把他的脊椎压断。
火刑同样十分痛苦。行刑人燃起一堆烈火，受刑人平躺在地上，脚板被抹上猪油或者其他易燃的物质，靠近火焰灼烧，直到所遭受的痛苦能逼他按照行刑人的意思招供为止。
这种手段衍变出来了更为残忍的“西班牙椅”。这是一把沉重的铁椅子，受刑人坐在上面，脖子、胳膊、大腿都被绑起来，脚被锁起来。一个燃烧的火盆被放置在脚附近或者椅子下面，以使热量逐渐地延伸到椅子的各个部分。
如果这些方法还不足以摧毁受刑人的精神，那么还会起用拉肢架。拉肢架有很多种样式，并不总是拉伸受刑人的身体（见第8章）。例如，1753年在里斯本，英国人约翰·库斯特斯的脚脖子被绑在拉肢架上，颈部被套了一个项圈。绳子绕过他的胳膊和腿，穿过拉肢架边框上的洞孔，逐渐拉紧从而切入肌肉，深达骨头。
在安东尼奥·加文写于1725年的一本奇书《天主教会的万能钥匙》中，记载了其他一些明显不同寻常的暴虐酷刑。据其记载，当法国军队占领阿拉贡时，打开了宗教裁判所的监狱，大约400名囚犯被释放，“其中有60名漂亮的年轻女性，她们显然是三名总裁判官的后宫”。其中一名女囚犯讲述了她在第二裁判官唐·弗朗西斯科·托雷贡手中时的经历，说了一位女仆所展示给她看的东西：
她把我带到楼下，打开一扇厚重的铁门，进入一个大房间。里面有一个烤炉，正点着火，一个大铜锅置于其上，上面盖着盖子，上着锁。在隔壁的一个房间里，有一个大轮子，两侧都盖着厚板，中间有一个小窗；玛丽用蜡烛照着让我看里面；在那里我看到整个轮子上都安置着锋利的刀片，吓得我直打颤。然后玛丽带我来到一个深坑旁，里面养着很多有毒的动物。
当我因眼前的景物而大为惊恐时，她说：“我的好主人，现在让我告诉你这些物件的用法。那个烤炉是给异端分子以及那些违背神父意志、惹神父不开心的人用的；他们被剥光后，被放到锅里，锁上盖子。行刑人开始是小火慢烤，然后火势逐渐增大，直到那些人的身体被烧成灰烬。轮子是给那些说教皇或者宗教裁判所的神父坏话的人用的；他们被从那扇小门中推入轮子，锁上门，然后轮子开始快速旋转，直到他们被切成碎片。深坑是给那些侮辱圣像、拒绝对教会人士给予适当尊重的人用的；他们被扔进深坑，成为这些毒物的食物。”
上述故事是令人怀疑的：年轻女囚犯可能是听了太多当时为反对天主教而编造的耸人听闻的虚构故事。
令人意外的是，并非所有受刑人都会招供认罪，以让他们的行刑人满意；特别是有些女性，做到了坚忍不拔。例如，60岁的恩格拉西亚·罗德里格斯尽管她的一条胳膊被弄断，一个脚趾被扯掉，仍然拒不认罪。在里斯本，一名年轻女性玛丽亚·达·科西科被指控为异端分子，她在拉肢架上招供了，但是随后拒绝在确认其供述的文件上签字。她再次被带到拉肢架上，也再次招供了，但是放下来后又一次拒绝签字，她说“只要把我从刑架上放下来，我就否认通过刑讯逼取的供述”。第三次上拉肢架后，她拒绝回答任何问题。逼供失败之后，裁判官宣判将她游街示众，公开处以鞭刑，并流放10年。
能用这种方式成功逃避行刑的人很少，并且他们只能对自己的遭遇忍气吞声。正如德隆在他的著作《果阿宗教裁判所纪实》中所说：
当因招供而成功躲过火刑的人走出裁判所的监狱时，他们被要求必须说受到了非常和善和宽容的对待，因为行刑人本可以合法将他们处死，但却饶了他们一命。如果一个人承认了他的罪责，在释放之后又胆敢说自己是无辜的，那么他会立即被指控、逮捕，处以火刑，绝无被赦免的可能。
“火刑盛典”在葡萄牙语里是“auto-da-fé”，这个名字广为人知。这种火刑是被定罪犯人的集体游行，有些犯人已经在监狱中被关押了数年，直到凑够了人数来参加公开的游行仪式。在这种仪式的最终环节，20或30个犯人要在狂热的人群中被活活烧死。詹姆斯·加德纳在《世界上的信仰》中引用了一位目击者的描述：
队列中的犯人穿着“圣贝尼托”，戴着“克罗扎”，脖子上绑着绳子，手中拿着一支黄色蜡烛。“圣贝尼托”是一种苦行赎罪的斗篷或短袍，由黄布制成，垂至膝盖，上面绘制的图案是穿这样衣服的人被火灼烧，同时龙和魔鬼在扇动火焰。穿着这种服装就意味着将要被作为不可救药的异端分子而活活烧死。
如果对犯人的判刑仅仅是苦修，那么“圣贝尼托”上面就是一个十字，没有图案或者火焰。如果一个没有悔悟的人在被带出来游行之前才皈依基督教，那么“圣贝尼托”上面就会画一个朝下的火焰，这被称为“免除火刑”，意味着他不会被活活烧死，而是在柴堆点燃之前被勒死。以前，这些服装都挂在教堂中，作为犯人之耻辱的永久纪念，也作为宗教裁判所的战利品。
“克罗扎”是一种纸糊的帽子，90厘米高，顶部是尖的。上面同样也画着十字、火焰和魔鬼。在美洲的西班牙殖民地，通常还要给“克罗扎”再加两条长长的扭在一起的尾巴。一些受刑人被塞住嘴巴，以免在游行示众时因情绪失控而辱骂特别法庭或者揭发什么秘密。
将要被活活炙烤的受刑人身体两侧各站一位耶稣会会士，不停地向他们布道，让他们放弃异端邪说。如果任何受刑人试图说一个字为那导致他将受死刑的教义而辩护，他的嘴巴就会立马被堵住。盖德斯博士说：“我注意到一个受刑人刚刚被押出宗教裁判所的大门时，他因为看到了数年没有看到过的太阳，喜极而泣：‘除了创造它的人以外，看见如此伟大天体的人，怎么可能崇拜任何人呢。’”
这位盖德斯博士见证了1682年马德里的一次“火刑盛典”：
5月30日，在喇叭、鼓和旗帜的掩映下，宗教裁判所的人骑马来到大广场的宫殿。他们在那里发出公告：在6月30日，将要执行对罪犯的判决。马德里此前已经有好多年没有见到过这种公开行刑了，因此，市民们焦躁地等待着这一天，就像期待盛大欢庆和胜利的一样。
当这一天到来时……人们穿着他们各自习俗所允许的最华丽的衣服来到大广场。在大广场中间升起高高的断头台；从早上七点到晚上，男女犯人陆续被带到这里；王国里的所有宗教裁判所都把他们的犯人送到马德里。
有20名男女犯人和一个变节的穆斯林教徒被宣判处以火刑。50个从没有被监禁过并且已经对自己的犯罪忏悔的犹太男女被宣判长期监禁，并戴一顶黄色帽子；10名被指控重婚、巫术或其他犯罪的犯人被宣判先施以鞭刑，然后送到桨帆船上做苦役，最后这一类犯人戴着纸糊的大帽子，上面写着字，他们的脖子上戴着绞索，手中拿着火把。
在这个神圣时刻，西班牙的全体法庭成员都到场了。最高裁判官的裁判席比国王的座位高很多。贵族的角色相当于英国的治安官，引导那些将要被烧死的犯人。……其他犯人则由宗教裁判所的工作人员所引导。
因为有犯人要被烧死，所以行刑地点摆放了很多火刑柱，还有大量的干柴堆在那里。为新教教徒（裁判官称呼他们为“伪称信教者”）准备的火刑柱大约有四码高，距离顶部半码的位置有一块木板，供犯人坐在上面。
负责在行刑期间看护犯人的两名神父架着犯人走上台阶。当他们走到前面所说的木板跟前时，回过身来转向民众。神父用大约15分钟的时间规劝他们向教会妥协。如果他们仍然顽固不化，神父就走下台阶，换行刑人登上台，把犯人从台阶上挪到木板座位，用链子把他们的身体锁在火刑柱上，然后离开。神父再次走上前来，再次进行规劝；如果仍然无效，神父在临走时通常会说：“他们把自己留给了魔鬼，魔鬼正站在他们身边，准备接纳他们的灵魂。这些灵魂一离开躯体，就把它们和魔鬼都扔到地狱之火中吧！”
然后发出一声整齐的呼喊。当神父走下台阶时，全体都在喊：“烧他们的胡子！”同时把燃烧的木柴绑在长竿上，戳犯人的脸，直到他们的脸烧着，人群中发出巨大的欢呼声。然后点燃柴堆，把犯人烧成灰烬。
遭受这种恐怖死法的21名男女真是勇气惊人。有些人毫无畏惧地投身火海之中。他们所有人都抱着如此坚定的决心接受命运，以至于很多吃惊的观众都叹息：为何如此有英雄气概的灵魂竟没有得到救赎？国王的位置靠近犯人，所以能听到犯人们濒死的呼喊。然而他不能缺席这样恐怖的场景，因为他的加冕誓言使他有义务通过出席这种宗教仪式而给法庭行为以认可。
历史学家们对死在火刑柱上的犯人人数有争议。略伦特——据称曾多年担任宗教裁判所的秘书——估计，在1481—1517年，至少有13000人被活活烧死，8700人先在监狱中被勒死之后烧死，17000人被判处其他各类刑罚。他还计算出，从1481—1808年，仅在西班牙就有341021人被判处死刑。其他权威人士则认为这些数据过于夸大了，根据对1483—1498年任最高裁判官的托克马达的指控，据公允估算，死亡的人数不超过2000人。
然而有记录表明，很多实施相对轻微犯罪的倒霉蛋反而经常被判处很重的刑罚。圣卢卡的一位木雕工人罗胡斯因为不愿意把圣母像低价卖给裁判官，就被判处丑化圣母玛利亚的肖像而被烧死。一位名叫胡安·列昂的新教教徒企图和同伙逃到英国，结果被用刑后烧死。另一位新教教徒——杰出的医生克里斯托弗罗·洛萨达，也是托莱多有名的书法大师仅仅因为用十诫装饰房屋墙壁，就被送上拉肢架受刑，然后被烧死。
一个嫁给住在马德拉的名为瓦斯康赛洛斯的葡萄牙人的英国女人，在1704年被指控为异端分子，然后被押送到了里斯本的宗教裁判所。她在牢房里被关押了九个月，多次被鞭打逼供，她的胸部被用火红烙铁烫伤三处。最后，她被带到刑讯室，绑在西班牙椅上；然后给她的左脚穿了一只在火里烧得通红的铁拖鞋。她被烧得骨头都露了出来，晕了过去。当她苏醒后又再次被鞭打，直到她的整个后背血肉模糊。然后行刑人又威胁给她的右脚穿铁拖鞋。毫不意外，她最后在认罪书上签了字，然后就被释放了。
塞维利亚的孕妇简·博霍奎亚因为与朋友谈论新教教义而被送上了拉肢架，一周之后就死了。宗教裁判所称：“简·博霍奎亚被发现死在了牢房里；此后，经审查对她的指控，宗教裁判所发现她是无辜的。因此不再对她提出进一步的指控……”
1714年，英国人伊萨克·马丁因为被怀疑是犹太人而在马拉加被捕。他被扔进格拉纳达宗教裁判所的牢房，并被勒令“完全保持安静，就像你死了一样；你不能说话，不能吹口哨，不能唱歌，不能发出任何可能被听到的声音；如果你听到任何人哭喊，也必须保持安静，不能说任何话，否则就要挨两百鞭子”。在经过长时间的监禁之后，他等到了对他的判决：
第二天上午大约十点，我被带下楼。行刑人带着绳索和鞭子走了进来。他命令我脱掉外套、马甲、假发和领带。当我要脱衬衣时，他命令我别管它，他会处理。他往我身上套了一个圈，系在我手腕上，然后拿出一根绳子把我的手绑起来，又拿出另一根绳子系在我的脖子上，把我带出宗教裁判所，外面有许多民众正等着看我这个英国异端分子。
我刚走出门口，一个神父就宣读了对我的判决：“伊萨克·马丁信奉英国国教，是新教教徒，是一个异端分子，不敬主，不敬圣母玛利亚的肖像，因此宗教裁判所判决：绑着伊萨克·马丁上街游行，并打两百鞭子。”……读判决时，行刑人把我推上一头驴子，开始在街道上游行。民众大声喊叫：“一个英国异端分子！快看英国异端分子，他不是基督徒！”并且用东西砸我。传令员走在我的前面，大声重复着在宗教裁判所门口宣读的判决，行刑人在我游行时不断鞭打我。大量的民众骑着马，穿着节日礼服，拿着棍棒跟在后面。
宗教裁判所对所有人都一视同仁。腓力二世的长子、王位继承人唐·卡洛斯竟然也成了宗教裁判所的受害人。据说宗教裁判所的做法令卡洛斯大为震惊，他在私下谈话中批评了这种做法。意料之中的是，一些怀有忌恨之心的人举报了他，他就被逮捕了。他的父亲放弃了对他的营救，他被认定犯有异端之罪，并被判处死刑；但是，考虑他的社会地位，他被允许选择行刑的方式。1568年，他死在了牢里，时年23岁。
在西班牙的美洲殖民地，宗教裁判所直到1569年才建立起了。被定罪为异端分子的人很少。正如法国作家弗雷兹关于宗教裁判所在智利的所作所为做出的评论：“他们主要忙于查获真正的或者伪装的巫师，以及宗教裁判所管辖的一些犯罪，如一夫多妻，等等。至于异端分子，我确信他们一个都没找到，那里几乎没人研习宗教。”
在墨西哥，宗教裁判所的第一批受害人是英国的海员，他们是1567—1569年约翰·霍金斯远征队的成员。在失去大部分船只后，他们被迫上岸，然后被抓了起来，当成家奴使用；但是1574年，佩德罗·莫亚·德·孔特雷拉斯被任命为裁判官后，这些英国人被围捕并押解到墨西哥城，送上了拉肢架：
他们从我们嘴里逼取了足够的信息以继续进行对我们的审判程序。他们在墨西哥城的集市中心建起了一个巨大绞刑架，正对着大教堂。在宣判的前十四五天，他们吹喇叭、敲鼓，把城里各个地方的民众聚集起来，郑重宣布：宣判那天，在集市中心的人都应当听宗教裁判所对英国异端分子、路德会教友的裁判并观看行刑。完成了这些预备工作后，时间也就迫近残酷的宣判了。行刑前夜，他们来到牢房，带来为我们准备的傻里傻气的衣服，用他们的话说就是“圣贝尼托”。这些衣服用黄色棉布制成，前后都画着红色十字……
大概早上八点钟时候，我们从牢房出发，每个人都穿着黄衣服，脖子上绕着绳索，手里拿着尚未点燃的绿色大蜡烛，每人的左右两侧各有一个西班牙人负责押解。就这样一直走到集市中心的绞刑架，路程大概是一箭之遥。我们发现一路上全是大量聚集的民众，以至于骑着马的宗教裁判所官员不得不在前面开路；到了绞刑架之后，我们借助梯子走了上去，看到上面有给我们准备好的座位。所有人都按顺序排好，等待接受对自己的宣判。
我们坐到指定位置后，裁判官登上另一架梯子，总督和司法官都在那里就座。他们按官阶坐好，然后又来了很多天主教会修士，穿着白的、黑的和灰的衣服，大约有300人，他们也坐到指定的位置。然后响起一声庄重的“肃静！”接下来就开始他们严酷的宣判。
第一个被叫到的人是罗杰，他是“耶稣号”船的军械官，他被判在马背上鞭打300下，然后到战舰上作为船奴服役10年。
接下来被叫到的是约翰·格雷、约翰·布朗、约翰·赖德、约翰·穆恩，詹姆斯·科利尔和托马斯·布朗。这些人被判在马背上鞭打200下，作为船奴服役8年。之后被叫到的是约翰·凯斯，被判在马背上鞭打100下，作为船奴服役6年。
然后依次叫了53个人，每个人都收到了自己的判决，有些是在马背上鞭打200下，有些是100下，有些是作为船奴服役6年，有些是8年，有些是10年。然后叫到了我，迈尔斯·菲利普斯，被判在修道院服劳役5年，不受鞭打，但在此期间要一直穿着“圣贝尼托”。
然后叫到了约翰·斯托里、理查德·威廉斯、戴维·亚历山大、罗伯特·库克、保罗·霍斯维尔和托马斯·赫尔。这6个人被判在修道院服劳役，有的是3年，有的是4年，不受鞭打。……宣判完这几个人之后，已经是接近晚上了。然后叫到了乔治·里维里、彼得·莫姆弗莱和爱尔兰人科尼利厄斯，对他们的判决是烧成灰烬，所以当下就送到了集市中心的行刑处……他们很快就被烧死了。我们68个收到判决的人当晚被押回了牢房……
当我们在修道院服完劳役后，我们再次被带到裁判官面前，把“圣贝尼托”脱下，挂在大教堂中……每一个人的名字和判决都写在上面，并在下面加一句“一个妥协了的异端路德会教友”。那些被判到船上服役的人的“圣贝尼托”也挂在这里，下面写着“妥协了的异端路德会教友”。这里还有那三个被烧死的人的衣服和名字，写着“被烧死了的顽固的异端路德会教友”。
据统计，墨西哥宗教裁判所在277年间，共有41人作为不知悔改的异端分子而被活活烧死，99人被杀死后焚烧画像。1659年的“火刑盛典”是最盛大的其中之一：23个男人和6个女人中，有7个被烧死，其中有5个异端分子，2个犹太人；其他人被认定为亵渎上帝、重婚、伪造、伪证、行巫等各种犯罪。
在秘鲁，宗教裁判所总共进行了29次“火刑盛典”，第一次是在1581年，最后一次是在1776年。总共有59人被送上火刑柱。在巴西的葡萄牙殖民地虽然没有建立宗教裁判所，但是从1591年起就定期有巡回委员会委员到那里去。被捕的人被送回到里斯本接受审讯。巴西从未有过“火刑盛典”。据统计，在1591年到1763年间，大概有400个犹太人被用船运往葡萄牙：18个被判死刑，但是其中只有艾萨克·德·卡斯特罗是被活活烧死的（在1647年），其他人则是被勒死后焚烧。
果阿的宗教裁判所要严酷得多。那里逮捕的印度人比犹太人还要多。葡萄牙人托雷斯·德·卡斯提尔如此描述对他们的囚禁：
……最肮脏的、最黑暗的和最恐怖的牢房，太阳的光线从未射进这里。犯人们不得不吸入有害空气，因为囚禁犯人之地的正中间有一口总是敞着口的枯井，这就是他们的厕所。除了一个小孔外，牢房里的臭味无处散发。犯人们就生活在这个公共厕所中。
宗教裁判所在西班牙、葡萄牙及其海外殖民地活跃了三个多世纪。在西班牙，它在1808年被约瑟夫·波拿巴废除，但在1814年又得以重建，1820年又被废除，1823年又重建，直到1834年被最终废除。在葡萄牙，公开的“火刑盛典”于1771年被禁止，宗教裁判所于1820年被废除。人们希望恐怖时代从此终结。