高士其考取清华留美预备学校的喜讯传开，来高士其家祝贺的老师、同学，以及父母的亲朋好友，络绎不绝。开学的时间越来越近了，高士其的奶奶却犯了愁：从福州到北平，那是多远的路呀，没有出过远门的高士其怎么去呢？高士其看出了奶奶的担心，说：“请奶奶放心，我一个人可以去。我已经不是小孩子了，我会平安到达的。”可怜天下父母心。高士其上学那天，奶奶托了一位到上海做生意的熟人，千叮咛，万嘱咐，请他照顾高士其，一同坐轮船到上海。然后，高士其的父母再托人将高士其从上海带到北平。

1918年8月，高士其终于平安地来到了北平，来到了他心仪已久的清华园。

新生入学，要进行严格的复试，一是了解入学新生的成绩，然后按成绩编入相应的年级和班级；二是防止有冒名顶替者，因为那时常有不学无术的富家子弟，请人代考，自己来上学。复试结果，高士其的成绩特别优秀，被安排跳级，直接进入中学二年级。这样，高士其的学习更加紧张起来，一是毕竟没有上过一年级，直接从小学就读初中二年级的课程，对高士其来说，肯定有难度，他一点也不敢怠慢；二是英语成了他最大的拦路虎。清华留美预备学校虽然在北平，但为学生留美做准备，学校一切都按照美国学校的模式来办学，尤其是美国人说的语言，也是学生在学校必须学会使用的，而且在二三年级以后，老师上课干脆都用英语了，而高士其为考试而学的那点英语，如今是大大不够用了，所以，当英语老师全用英语讲课时，高士其一句也没有听懂。连体育老师都用英语上课，这无疑给了高士其一个下马威。高士其又被逼到了绝路上，只有拼了。他发誓，不惜一切代价，也要把英语搞上去！

就这样，高士其给自己准备了一个记单词的小本本，将要记的单词抄在正面，在背面写上中文意思，一有空，就拿出来背几个。有的发音很难读准的，就用中文给单词注音作为提示。没过多久，高士其发现自己慢慢能听懂一些老师讲课的内容了，这给了他莫大的鼓舞，进一步激发了他学好英语的热情。到这学期结束，谁也没有想到，高士其的英语考试成绩为优等，获得了学校颁发的奖章。到了暑假，高士其还为修路工人与美国技术员当翻译，其流利的口语、标准的发音，人们还以为他是在美国长大的小翻译家呢！

高士其不愧是语言天才。在学好英语的同时，高士其还学会了说普通话，而这对从小就在福州长大的高士其来说，并不是件容易的事。还是在二年级的一次国文课上，老师让学生上台用普通话演讲，轮到高士其时，他满口的“福建普通话”，引得全班同学阵阵哄笑。好胜的高士其满脸通红，发誓要把普通话学好。从那天起，他就拜一位高年级的老乡为师学习普通话，还经常在空空的教室里练习演讲。说也奇怪，高士其总是心想事成。经过一段时间的刻苦训练后，高士其不仅在后来的演讲比赛中多次获奖，而且还理所应当地成为学校召开运动会时的大会司仪。在学校召开家长会时，他常常别上“招待”的胸花，用普通话向家长介绍学校的情况并回答家长们提出的问题。由于他在普通话方面的突出成绩，学校又授予高士其“国语优等奖章”。

此外，高士其还获得了“化学优等奖章”和“博物学优等奖章”。

高士其入学不久，他的父亲正好调至北平工作，高士其全家便迁到了北平，住在西单。