1930年秋，高士其回到了阔别五年的祖国。当轮船离上海港越来越近时，他的心情也越来越不平静。一是想到马上就要回到他魂牵梦绕的祖国了，就特别激动；同时又担心自己如何让父母平静地接受自己的病情。在美国，他不想让父母为自己担心，没有告诉父母自己的病情。虽然在回来的路上，高士其已经想到要给父母一个思想准备时间，曾经轻描淡写地说了一下自己在实验中受了伤，却又解释说没有太大的问题。现在，他马上就要见到日夜思念的亲人了，他该如何面对父母呢？当他看到父母及家人都到码头来迎接他时，他的眼睛湿润了。他突然清醒过来，明白自己应该以一个生活强者的姿态出现在父母面前，给老人以宽慰。
果然不出高士其所料，当父母看到高士其说话、听力、动作都不能像正常人一样自如时，心如刀绞。尤其在一起吃饭时，因为手不停地抖颤，高士其连菜也夹不起来。父母总是一边不停地为他夹菜，一边偷偷地抹泪。看到父母每天都是这样为自己担心操心，高士其实在是于心不忍。在家才两三天，却有度日如年的痛苦感觉。为着不再刺激父母，高士其借口到福州老家看望祖母，离开了上海，希望不在父母身边的日子里，让父母少些担忧。可他哪里知道，可怜天下父母心，儿行千里也走不出父母的视线，虽然可以不必天天面对，似乎大家都有了一份难得的安宁，可那份痛、那份爱，始终在父母的心头缠绕……
然而，福州的日子更让高士其心疼。他每天都从报上看到福州各地疫情肆虐的报告：“福州北门疫势猖獗”、“泉州鼠疫盛行”、“长乐疟疾蔓延死亡在400人以上”、“1月厦门天花流行，死亡181人”、“厦市麻疹患者达200余人”、“厦市5月死亡465人”、“厦门殆将为疫菌占领，虎疫情三日死93人”……触目惊心的消息，让高士其想起了姐姐度平的死，想起了大弟、三弟、四弟的死，他们和报上所说的不幸的人们一样，都是被“小魔王”夺去了生命。高士其恨透了“小魔王”，发誓要彻底消灭这些害人的“小魔王”。这样想着，高士其的心中充满了一股战斗的激情，在福州再也待不住了，他要参加消灭“小魔王”的战斗。他想到了清华母校的细菌实验室，他是在那里开始认识“小魔王”的，也只有在那里，才有先进的科研设备，能够让“小魔王”无处藏身。
打定主意，高士其毅然北上。从福州到清华时，适逢清华留美预备学校改为清华大学。老师和同学们见到学成归来的高士其，非常高兴，有说不尽的话语。大家对他的不幸深感同情，却一时又不能帮助他解决实际的工作问题。终于，在一次“欧美同学会”上，高士其结识了一位时在南京中央医院任院长的刘先生。此人很有些来头，除任院长外，还有12个兼职头衔，而且每个职务都有薪水，而高士其什么也没有。刘院长佩服高士其的学识，同情高士其的遭遇，不无动情地对高士其说：“您是我们中国仅有的五个微生物学家之一，非常宝贵。如果您愿意，就到南京中央医院来吧，我聘您为医院检验科主任，怎么样？”有这样的机会，高士其当然非常渴望，便愉快地接受了邀请。
南京中央医院是国民党的一所陆军医院，也是一所大医院，有病床五六百张。有了新的工作，又是他喜爱的检验科，高士其非常满意，工作起来也特别认真。而此时，南京汤山一带，发生了严重的脑炎，深受脑炎折磨的高士其，不期与脑炎病毒再次相遇，犹如仇人相见，分外眼红，高士其的斗志被激发起来了，他没日没夜地投入了消灭脑炎病毒的战斗。
然而，高士其把一切想得太完美了。随着科研的深入和对周围环境的了解，高士其渐渐感到呼吸的困难。尤其是刘院长的某些言行，让他吃惊，又无法忍受。当高士其目睹发生在身边的一桩桩黑暗肮脏的权钱交易，都与这位刘院长相关时，他彻底失望了。他永远也不会忘记与刘院长的最后一次对话。那天，高士其找到院长，要求为检验科增加一台显微镜，因为已有的那台旧显微镜坏了，不能再使用了。不知道刘院长哪来那么大的火气，对高士其嚷道：“医院哪里有那么多闲钱买显微镜？你就凑合着用吧！医院如商店，是不能做亏本生意的。有很多人向我提意见呀，说我不能拿钱去养活病人，你就好自为之吧！”
高士其明白了，这不是明摆着冲他来的吗？原来想到自己是受刘院长的邀请，才有这份工作的，自己时时处处都在维护着刘院长，即使看到一些不良的行为，高士其也多次以“友情”为重，念着刘院长的“知遇”之恩，不去计较。可这一次，他是为了工作，却得到这样的回报，甚至是侮辱，高士其的脸色马上难看起来，不知道自己是怎样走出院长办公室的。想到刘院长宁可把钱用来勾结贪官，灯红酒绿，吃喝挥霍，也不肯为拯救在死亡线上挣扎的同胞花一分钱，高士其对这种毫无医德的行为十分痛恨。士可杀不可辱，为了维护自己的尊严，为了表示自己与这污浊社会里的贪官污吏们彻底划清界限，他毅然决然地做出决定：辞职。
辞职，对高士其来说，这是一个多么重大而且危险的决定啊！没有了工作，就没有了经济来源，连自己的栖身之地也没有了。但高士其毫不后悔，同时还宣布，他要将自己的名字“高仕錤”改为“高士其”，表示“去掉人旁不做官，去掉金旁不要钱”的志向。
危难之时，多亏有李公朴先生相知相助，让高士其住到了他的家中。