本书总体上采取唯物辩证法的方法论。具体来说，包括实证分析和规范分析、社会调查、实地调研、统计与计量分析、政策分析、比较分析、研讨与专家咨询等方法。本书在大范围的实地调研和调查问卷的基础上，进行政策分析，确保达到预期的研究目标。

主要创新之处：一是在城乡发展一体化的大背景下考察和研究城中村，作为考察各种制度变迁、经济利益冲突的标本，进而形成普遍意义的推进城乡发展一体化的各种制度改革经验，并努力为中国发展经济学理论和案例的丰富做出贡献。二是基于社会调查数据的定量分析。对一地级市（牡丹江市）的城中村进行全面的调研，对村干部、村民、镇区干部和城中村租户等利益相关方进行大范围的问卷调查，了解各有关利益主体对城中村的历史、现状、改造及制度变迁的偏好，作为政策建议的重要依据。三是对我国已有城中村改造的主要模式进行比较分析；对城中村产生的原因分析进行经济、政治、法律和社会学的综合分析。四是根据地方调查情况，针对城乡发展一体化的要求，提出稳步推进城中村改造的思路，提出和构建城乡一体化发展、土地、集体资产管理等方面推进城中村改造的政策组合和措施建议，并提供了一个“公私合作（ppp）”的创新模式建议。五是注重对城中村中的流动人口、租户的研究，并在改造方案中特别强调对租户利益的考虑。