世界上的发展中国家普遍地存在着城乡二元结构（包括社会结构和经济结构），它主要表现为国民经济由现代城市工业部门和传统的乡村农业部门所组成。这种二元结构是发展中国家在实现工业化、城市化过程中自然出现的现象。一般发展中国家二元结构是在经济发展因市场机制原因自然形成的，虽然城市产业比农村产业先进，但因为生产要素可以在城乡之间自由流动，城市对农村的经济辐射又能带动农村经济的发展，农村剩余劳动力能够被城市产业逐渐吸收，从而可以使二元结构相互转化。我国的二元结构受集中式计划经济体制和优先发展重工业的工业战略偏差制约，表现出与其他发展中国家不同的特殊性，形成了城乡封闭的二元经济结构与社会结构，以及并存的一系列制度安排，如城乡二元土地所有制、城乡二元户籍身份制度、城乡二元分配制度、城乡二元社会保障制度等。我国实行的城乡二元结构体制是城中村形成的深层次制度性因素，也是根本原因所在，其具体表现为以下方面。
1．城乡二元土地制度是城中村产生的核心因素
我国的土地制度在世界上是独一无二的，根据城乡实行不同的所有制度，即所谓的土地的二元所有制结构。《中华人民共和国土地管理法》第二条规定：“中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。”根据《中华人民共和国宪法》第十条、《中华人民共和国土地管理法》第八条规定，“城市市区的土地属于国家所有，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有”。城中村作为都市里的村庄，呈现出了最为典型的国家土地所有权和农村集体土地所有权两种差异明显的城市内部土地二元结构。城市的扩张只能征用农民作为生产资料的耕地，一般不能征用农民作为生活资料的宅基地；同时政府为了避免或降低高额的征地补偿、房屋拆迁补偿、居民就业安置等成本，因此政府通常选择交易成本最低的城市化方式，在城市规划中绕过城中村，避开农民的居住区，原来的农村就变成了“孤岛”。
土地产权制度是城中村居住环境问题形成的根源。1982年党中央明文规定：“社员承包的土地，不准买卖，不准出租，不准转让，不准荒废”。1994年，中央农村工作会议决定把土地承包期在原来15年的基础上再延长30年。这样，土地承包期实际为50年不变。农民的土地承包权，具体表现为农民对其承包的土地在合同期内的占有权、使用权、收益权，承包者有权在合同期范围内独立自主地从事经营。由于农村土地的产权归村集体所有，在城市化过程中，国家可以征用作为农民生产资料的农用地，但难以征用作为生活资料的宅基地，房地产商就无法介入城中村的整体性房产开发，而只能留给村民分散地进行粗放型开发。
2．农村集体土地换取经济利益的行为强化了城中村形态
城中村中的农民因外来人口急剧涌入城市而带来了难得的获利机会，特别是随着城市的经济发展，城市的土地价格也日益攀升，高昂的地价使处于优越地理位置的城中村聚集了雄厚的集体财富，无耕地的村民凭借其有利的区位条件，在自己拥有使用权的宅基地上大量地建造房屋以供出租，并以此获得了不菲的收入，城中村村民成为新型的租金食利阶层。村集体开始在留用地上与房地产商合作开发商业地产和住宅，诸多的农民则在各自的宅基地上大量地建房。建房者在有限的宅基地上，一方面通过超高建筑来实现利益最大化，另一方面通过侵占公共空间来实现利益最大化。从个体理性选择的角度看，城中村这种特殊的建筑群体和村落体制的形成是农民城市外来务工人员大量出现，以及在土地和房屋租金快速增值的情况下，追求土地和房屋租金收益最大化的结果。原来城市化排斥城中村，转变为如今的城中村拒绝被城市化、市民化。经济收入的路径依赖，极大地强化了城中村长期存在和发展的现实性与被拆迁改造的艰难性。
3．城乡二元人口管理制度
城乡分割的户籍管理制度是1958年以后逐步建立和发展起来的，是计划经济的产物，更是短缺经济的结果，是根据当时农业生产率低、农产品供给不足做出的理性抉择，与当时实施的粮油等主要农产品统购统销、计划配给制度是一致的。以户籍管理制度为核心，人为地划分为农业户口与非农业户口自计划经济时期形成，旨在抑制人口流动的户籍制度，在当今人口自由流动的时代仍然发挥着“束缚”和“锁定”功能。城中村在城市化的过程中，人口本应随着土地同时实现非农化，然而由于户籍制度的“锁定”，使得土地城市化了，村民却仍然是农民。户籍制度迟迟未“松绑”，却又使得城中村的村民由边缘人群迅速转变为既得利益者，他们在享受城市提供的交通、教育等各种公共服务设施的同时，仍然可以享受其他农民应有的权利，如以户籍制度为核心的计划生育、人口迁移、宅基地分配等政策，这种双福利也加强了他们对目前现状的认同。
4．城乡二元行政管理制度
农业户籍的村民城中村所保留的农村行政建制，由村委会从行政上进行管理，农村社区具有特殊的血缘、地缘纽带，农村行政管理体制成为这些村庄在城市化过程中实现自身利益最大化的“体制外壳”。
城乡隔离的二元结构体制是城中村产生的根本原因。一个国家的城市化进程，在根本上受到两个因素的制约，即工业化和制度。如果说工业化是通过非农产业就业人口的聚集而促进城市化的话，那么制度则是通过对各种经济社会运行规则的制定和执行来影响城市化的。工业化对城市化的影响具有一定的张力和韧性，而制度对城市化的影响则具有刚性。
总体而言，我国在计划经济时期为了推进重工业优先发展战略而实行了一系列的城乡隔离政策，形成城市与农村分割的二元结构制度，在城市化过程中，这种旧的制度安排所存在的各种深层次矛盾在短期内难以得到根本性的解决，城中村便在城乡二元结构制度的束缚下，作为这种特殊制度安排的产物产生了。这种城乡二元结构制度主要表现在三个方面：一是二元土地制度，即农村土地集体所有制和城市土地国家所有制。二是二元人口管理制度，其中户籍管理制度是最主要的，户籍政策采取农业户口与非农业户口两种制度，还有以户籍制度为核心的计划生育政策。二元化的户籍管理制度对城中村的形成有重要影响，在城中村形成之前，村民因农业户籍而长期被排斥在城市化和工业化之外，本可以在城市化过程中陆续融入城市社会，却被户籍制度“锁定”在土地上，然而，在市场化改革不断深化的背影下，户籍制度改革的滞后却使得原有的村民由边缘化人群迅速转变成既得利益者，单纯对户籍制度的改革已经很难彻底改变城中村的社会经济结构。三是二元的行政管理制度，即城市行政组织负责管理和服务非农业人口户籍的人口，而农村行政组织负责管理和服务农业户籍的村民。城中村所保留的农村行政建制，由村委会从行政上进行管理，农村社区具有特殊的血缘、地缘纽带，农村行政管理体制成为这些村庄在城市化过程中实现自身利益最化大的“体制外壳”，作为政权组织在农村基层的延伸机构，村委会在执行上级的命令时，常会以保护村落局部利益为取向而使政策走样。这种二元体制框架中，二元土地制度是城中村产生的核心因素。城中村虽然身处城市，但仍保留着土地的二元所有制结构——城镇土地制度和农村土地制度，相对应地形成了国有土地所有权和集体土地所有权两种差异明显的城市内部土地使用的二元结构，国家可以征用作为农民生产资料的农用地，但难以征用作为农民生活资料的宅基地。政府在城市规划中将城中村视为一类独立的用地单元，采取“保留村镇用地”的做法将城中村绕过去。在具体规划过程中，一方面是根据城中村人口增长预测，划出后备宅基地供村民居住；另一方面，土地开发方将其征用村镇土地中的一部分，作为村镇经济发展用地返还，由村镇自行开发。政府由于无法在短期内承担转换城乡分割的二元管理体制所带来的成本，如高额的土地和房屋拆迁补偿，村改居后居民的城市社会保障以及失地村民的就业安置等问题，导致在城市建成区向外扩展时，城市化建设采取了“绕道”的形式，避开农民的居住点。然而外来人口的急剧增加为村集体留用地及宅基地的房地产开发和出租业的发展提供了机会，于是村集体开始在留用地上与房地产商合作开发商业地产和住宅，农民则在各自的宅基地上疯狂地建房。由于每一寸土地都可能转换为潜在的高昂的出租收益，因此建房者在有限的宅基地上，一方面通过超高建筑来实现利益最大化，另一方面通过侵占公共空间来实现利益最大化。这样上面所描述的城中村便合乎逻辑地产生了。可见，城乡分割的二元结构制度是城中村产生的根源，这种长期以来所形成的在土地管理、人口制度、行政管理等方面的二元结构在城中村中根深蒂固，并在改造中，制造了很大的制度障碍，成为城中村改造的难点所在。
与城乡二元结构相联系的城中村，其所固有的一种特殊现象，即“一村两制”。哪里有城中村，哪里就有“一村两制”。由于城市在征地过程中，往往只能将部分农民“农转非”，而把其他村民和整个村庄纳入农村管理体系，这种“一村两制”的现象根源于用招工进厂的“农转非”方式，来代替村庄、村民的城市化。伴随市场取向改革的深化，城市居民（主要指近年来农转非的居民）依附在户籍制度上的社会福利保障的含金量明显减少，这种征地方式既没有解决“人”的城市化，也没有解决“村”的城市化，并会带来城乡差距倒挂的现象。
有关农民和农村各种问题的研究常归因于小农意识而忽视了制度和管理问题。假如对农民和农村进行科学管理和制度重构，我们肯定可以通过调整村民的众多行为而降低目前城中村规划建设糟糕的程度。事实上，即使是由于土地产权制度的制约使城市管理的制度和手段一时无法有效地扩展到城中村，也并不意味着城市开发管理部门可以忽视这些特殊区域的开发情况，适度的控制与引导是完全可行的。在城中村的建设过程中，规划与管理在这些地方几乎是一个绝对漏洞，这种人为造成的二元管理格局，实际上默认了城中村开发中的个人主义和无政府主义。