肖海龙排在战斗队形的最前端，其余的八艘军舰分列在两边，肖海龙的铁甲舰就像是头雁，承受最大的风险，别的军舰可以随时进退。肖海龙的作战企图就是力图打得过的时候就全歼对方，打不过的时候就分散撤退，因为大雁式的阵形放得很开，不像荷兰的分舰队那样紧凑，并且将作战意图也和各舰舰长作了说明，具体到实战，一切看旗语而定。
随着距离的不断接近，交战双方也做好了战斗准备。当距离接近到二里的时候，荷兰舰队首先开始开炮，当然这些炮弹毫无意外的没有击中目标，最多有几颗近失弹。而大明东海舰队第一分队则是严格按照肖海龙的部署，等到接近到一里的时候才开始反击。在这期间，荷兰舰队已经发射了五轮炮弹，但是只有最前端的铁甲舰挨了一发，结果是毫发无损，看到自己的铁甲舰不怕对方的炮弹，肖海龙的想法就有了变化，兴起了全歼对方的念头。
随着交战距离到了一里的时候，荷兰舰队的航行已经到了和大雁阵形左侧平行的位置，肖海龙命令右侧军舰加速行驶到荷兰舰队的侧后方，而他自己则和左侧的军舰开始准备开炮，当铁甲舰上的加农炮发射的第四颗炮弹终于击中荷兰舰队旗舰的时候，把范加尔几乎吓死，这枚炮弹击穿了旗舰的侧弦正中间，并且在船体内发生爆炸，一下子将旗舰炸开了几乎一丈方圆的大洞，大量的海水迅速涌入船体，舰上的水手虽然行动迅速，但是面对如此大的损伤还是惊慌失措，只好关闭相邻的密封舱。再看看其他的军舰，范加尔连死的心思都有了。在旗舰开炮以后，左侧的大明军舰上的所有迫击炮都开始了炮击，等到范加尔发现的时候，几乎所有的荷兰军舰都在起火。想想看，每艘军舰上的二十们迫击炮，同时在不到一里的距离上开炮，就是有二十分之一的机会，也会有蒙上的，何况这些都是精锐的炮兵呢。所以，四轮炮击过后，每一艘荷兰舰队的军舰都是火焰四射，人仰马翻，都乱成了一锅粥。随着距离的不断接近，大明舰队的迫击炮打得越来越准，而荷兰舰队则几乎失去了反击，除了驾驶人员以外，没有炸死的都去救火了。
范加尔看到大事不妙，立刻打旗语撤退，可惜的是后路已经被包抄了，更加不幸的是旗舰又被一颗加农炮弹打中了，这次是船尾，军舰上的士兵光顾救火了，一下子好几十吨海水涌进了船舱，结果就是荷兰的旗舰瘫痪了。看到对方的旗舰已经失去了反击的能力，肖海龙立刻命令铁甲舰向其他的荷兰军舰开炮，在四轮过后，又有两艘被击中，其中倒霉的一艘被击中船头，爆炸过后直接一头扎进了大海。
看到旗舰撤退信号的四艘荷兰军舰企图掉头逃跑，又被包抄的四艘大明军舰拦住，回头看看旗舰，已经挂起了白旗，无奈之下，这四艘荷兰军舰也只好挂起了白旗。好歹肖海龙接受过西方传教士的理论，知道敌方挂起白旗就是投降的标志，停止了炮击，但是不是所有的人都知道啊，结果稀里糊涂的又把投降的军舰炸沉了四艘，气得肖海龙破口大骂。这本来可以俘虏九艘荷兰军舰，现在只剩了五艘，等接受完毕后一检查，还得扔掉两艘，现在只剩下一艘旗舰，一艘军舰，一艘快船。
肖海龙在舰队结束战斗之后，立刻按照戚金的交代打扫战场，所有的落水士兵被击发枪兵射死，所有的俘虏全部不要，统统处死。这其实也是朱有孝交代的，目的是不要泄漏了铁甲舰的秘密。然后肖海龙带着缴获的三艘荷兰军舰返航去会合戚金的主力舰队。
会和到戚金的主力舰队以后，肖海龙立刻就把和荷兰舰队战斗的经过和自己刚开始的想法向戚金作了汇报，得到了戚金好不吝啬的夸奖。肖海龙也不是个傻子，他在命令士兵射杀荷兰人之前，已经在范加尔的嘴里知道了荷兰人在澎湖列岛的驻军情况，所以，戚金立刻将其他两位分队长陈南蛟、于化龙请到了自己的旗舰上，四人商量着怎么去消灭荷兰人的主力舰队。按照范加尔的交代，荷兰人占据了澎湖列岛的四个较大的有人居住海岛，并且这四个岛几乎是连在一起的，中间就像一个大湖，荷兰的主力舰队二十余艘停靠、驻扎在这里，人员士兵则是住在澎湖的主岛上，其余补给舰有三十余艘靠在最里面的港口里。
几个人听了肖海龙的讲述之后，一致认为要想击败这支荷兰舰队并不困难，困难的是如何把这只舰队一人不留的全歼，因为整个四个岛屿几乎连在一起面积实在太大了，如果荷兰人一看打败了想逃跑，或者是四散突围，就凭现在这三十多艘军舰是没有办法全部都留下的，如果不能全歼这支舰队，有逃掉的军舰就会暴露大明舰队的实力，给以后留下麻烦。
出于保险起见，几个人商量后决定还是派出三艘军舰和侦察船前出侦查一下，或者是看看那里的航道和海况，万一到了开战的时候发生了什么意外情况损失可就大了。至于派谁去侦察，气氛一下子紧张了起来，按说肖海龙去最合适，可是这功劳也不能全让一个人占了啊。陈南蛟和于化龙两人使劲盯着肖海龙，并且于化龙这家伙还两手揉了揉腕子，这家伙可是武功居于三人之首，吓得肖海龙缩了缩脖子没敢吭声。戚金乐了，就让两人抓阄，结果被陈南蛟抢了去，气的于化龙嗷嗷直叫。
陈敏吾是个很不错的地方官员，在戚金出海的时候就派出了本地数十名熟悉这一片海况和航线的渔民一起跟随出海，对此戚金又高看了陈敏吾一眼。现在陈南蛟就带了三艘普通军舰和六艘侦察船离开了主力舰队。同时随去的还有这十多名渔民。据领头的渔民讲，这里距离澎湖本岛大概有五、六十里左右，戚金的主力舰队就停靠在附近的一个无名小岛附近，这些渔民等侦察任务完成后还能够找到这里。